鼬还告诉佐助家族高层秘密聚会的地点，里面隐藏着宇智波家族真正的黑暗目的。佐助从此踏上了向他哥哥复仇的道路。在第一部家族兴衰就在此结束。

    终结谷战后，宇智波族内却以人心思变。逐渐显露出对于千手独霸木叶的不满。一部分族人开始争夺木叶的重要职务，试图瓦解千手一家独大的局面，甚至图谋火影的宝座。千手以及其他族群更是对宇智波斑的叛乱行为耿耿于怀；对宇智波丧失信任、隔阂与日俱增。眼看一场祸乱即将上演，千手扉间为了避免祸起萧墙、同时又不能对宇智波赶尽杀绝。遂成立木叶警务部队，主要职务均由宇智波族人担任；这既是表达对宇智波的信任，也同时可以观测宇智波的一举一动。自此之后，宇智波族在木叶的名望、权利达到顶峰。

    宇智波一族虽被木叶委以重任，但全族却越来越远离权利核心。族内对木叶高层颇为不满，时任族长的宇智波富岳计划政变，篡夺火影大位。宇智波止水本想以别天神阻止这场战争，不料团藏并不信任他，反而把止水的右眼摘走。止水为防最后一只左眼再落入团藏之手，将左眼送给鼬，嘱托鼬一定要阻止这场叛乱，之后止水投南贺河自尽。宇智波富岳长期令暗部分队长宇智波鼬为间谍深入木叶高层，打探机密。鼬亦不忍村内忍者互相残杀，将宇智波政变计划透给木叶高层。三代火影猿飞日斩希望通过谈判和宇智波达成和解，而时任暗部长官的志村团藏却有意剿灭宇智波一族，团藏以佐助相要挟。最终鼬决定配合斑（实为宇智波带土）歼灭全族，但要求团藏放过佐助。灭族之后，鼬以间谍身份加入晓组织，继续为木叶打探情报守护木叶。而在灭族过程中，志村团藏、宇智波带土分别收集了大量写轮眼。这也为后来团藏、带土使用伊邪那岐创造了条件。

    说白了无非就是有人惦记着宇智波一族的力量，旗木卡卡西的父亲也是，而羽泷现在也是这样。

    “既然敢盯上我，那也得有实力来拿！”羽泷朝着自己背后看了一眼，一道火球射过去，黑暗处的忍者来不及反应瞬间被烧成焦尸。