宇智波一族隔离的木叶基本政策而不满的宇智波族人终于发动政变，企图在宇智波鼬的父亲宇智波富岳领导下的政治斗争中夺取自己的地位。

    在TV原创剧情中，政变爆发前宇智波止水去会见三代目火影，打算在宇智波一族的集会上观察宇智波富岳的态度，如果政变无法阻止，就使用最强幻术别天神改变他的想法从而阻止叛乱。但是志村团藏并不相信他，同时也是为了夺取他的万花筒写轮眼，所以用禁术“伊邪那岐”偷袭止水，夺取了止水的右眼，最后被止水以瞬身术逃脱。（游戏剧情《两个宇智波》中，团藏是因认为最强幻术别天神在自己手中会发挥更大的作用而对付止水，并且是在依靠手下的根成员干扰止水使其分神而趁机夺取了止水的右眼。）

    在失去右眼之后止水为了不让左眼再落入其手、维护宇智波一族之名，将左眼托付给鼬，并嘱咐鼬要为了和平使用它、全力阻止宇智波政变，还让鼬对他的事情保密，最终跳入南贺河自尽死亡。宇智波鼬亲眼目睹止水自杀，并开启万花筒写轮眼，宇智波鼬使用万花筒写轮眼阅读了神社内六道仙人留下的只有使用万花筒写轮眼才能阅读的文字（文字分三种能力解读：写轮眼-万花筒写轮眼-轮回眼。）

    由于止水自杀而且宇智波鼬并没有参加那晚的集会，宇智波一族的族人怀疑是宇智波鼬杀死了止水，结果被鼬否定。

    鼬和佐助止水自杀使得宇智波一族元气大伤，士气低落，但是族人仍然决定叛变。鼬对木叶高层汇报了这一情况，在场的高层中只有三代目火影坚持想以谈判的方式解决宇智波政变，但因为事情已经来不及改变最后只说请鼬帮他争取一点时间，事实上除了歼灭宇智波一族之外已再无其他办法。

    志村团藏之后找到了宇智波鼬，以鼬的弟弟宇智波佐助的性命作为交换让宇智波鼬诛灭全族并对佐助保密，自己以叛忍的身份搜集对木叶不利的组织情报。为了保护村子防止其他国家乘虚而入，也是为了止水的意志和弟弟的性命。鼬在痛苦与煎熬中被迫接受了灭族任务。

    政变当晚宇智波鼬和宇智波带土（之前鼬找到他答应帮他向宇智波一族复仇但不许他对村子和佐助出手）联手诛灭全族，宇智波鼬含泪与父母道别，他们将佐助托付给了鼬，并给弟弟设定了一个向自己复仇这一目标之后逃离木叶，临走前威胁团藏如果敢伤害佐助就将村子情报出卖。逃离之后听从带土的建议加入了他的组织-晓。

    三代目火影默许了这个事实并答应鼬保护他的弟弟。

    此时另一边岩松已经拼装好了拖拉机。